省卫生厅专门成立了南水北调丹江口库区第一批移民搬迁医疗卫生保障领导小组，并制订了《河南省卫生厅南水北调丹江口库区第一批移民搬迁医疗卫生保障预案》，指定河南省人民医院、郑州大学第一附属医院、新乡医学院第一附属医院为省级移民搬迁医疗救治定点医院。

涉及移民迁安的6个省辖市各明确一家市级、25个县（市、区）各明确一家县级定点综合性医院，承担移民搬迁的医疗服务工作。搬迁沿途市、县（市）卫生行政部门在搬迁车队预定加油点、集中就餐点、休息点等位置设立医疗卫生服务站，为搬迁移民提供周到的医疗卫生服务。